除了為慈善公益等特定目的而設立，基金更多指的是以基金券的方式將投資者手中的基金集合起來用于投資證券基金領域的證券投資基金。有限合伙制則是證券投資基金通常采用的組織方式。在投資者購買基金份額后，成為基金的有限合伙人（LP），由作為基金管理人的普通合伙人（GP）做出具體投資決策，并將收益分配給投資者。投資者不參與基金的投資決策和運行管理，僅僅以出資額為限承擔有限責任。

由于有限合伙的基金組織方式一方面對投資者以承擔有限責任的方式對投資風險進行隔離，鼓勵投資，另一方面則在（負責投資管理）普通合伙人與（負責風險分擔）有限合伙人之間形成專業化分工，提升了投資效率。截止到 2020 年年底，中國基金管理人管理的公募基金凈值已近20萬億元人民幣。

證券投資基金的上述有限合伙組織方式特別類似于以上市公司面目呈現的現代股份公司。現代股份公司的股東像基金中的有限合伙人一樣，一方面以出資額為限，對企業經營風險承擔有限責任；另一方面則實行所有權與經營權的分離，除非資產并購重組、經營戰略調整等重大事項通過股東大會集體表決進行裁決外，通常并不干預企業管理團隊做出的日常經營決策。由于股東對公司享有的所有權與管理團隊負責的日常經營權的分離，在現代股份公司中，在股東與管理團隊二者之間不可避免地基于雙方信息不對稱產生代理沖突。管理團隊有動機利用他們掌握的私人信息，進行關聯交易，追求私人收益，使外部股東的利益受到損害。