“錢荒”對市場的第二輪影響開始逐步顯現。在過去的一段時間內，債券市場上開始出現明顯的拋盤，與“錢荒”之前相比，整體國債的收益率曲線上行了大約30-40個基點。

值得注意的是，中國的商業銀行持有大量的債券頭寸，并將其作為流動性資產的重要組成部分。中國的債券存量到2012年底達到了26萬億元人民幣，這幾乎相當于銀行總資產的25%。與此同時，將近90%的債券交易在銀行間市場進行，在過去的幾年中，債券市場的交易規模也出現了快速的上升，并在2010年至2012年上升了17.5%。更加重要的是，以債券作為抵押品的回購業務也在2010年至2012年間上升了60%，這表明債券已經被作為重要的流動性管理工具。

在這樣的情況下，中國銀行間市場資金成本的上升，也將對債券市場產生明顯的沖擊。在流動性趨緊的狀況下，面臨著資金緊張的金融機構將需要被迫減少自身的債券頭寸。此外，由于大量的債券交易需要通過短期回購資金（主要是隔夜和7天）支持，短期資金成本的上升也意味著債券交易將出現嚴重的成本收益倒掛的現象，這也將推高債券的收益率。